Počiatky jezuitskej rehole siahajú do čias náboženskej konverzie sv. Ignáca z Loyoly, ale najmä do roku 1534. Spolu so sv. Ignácom z Loyoly zložilo šesť jeho priateľov v Kaplnke sv. Dionýza na parížskom Montmartre 15. augusta 1534 doživotné sľuby čistoty, chudoby a misionárskeho pôsobenia vo Svätej zemi. Skupina sa po skončení univerzitných štúdií, rozšírená o ďalších troch spoločníkov, vybrala do Svätej zeme. Chceli tam apoštolsky pôsobiť a pomáhať kresťanským pútnikom. Zároveň urobili spoločnú dohodu.

Podľa nej, ak by sa cesta do Svätej zeme v priebehu jedného roku neuskutočnila, odoberú sa do Ríma, a ponúknu svoje služby pápežovi. Po roku sa ukázalo, že plán cesty do Ríma je aj Božím plánom. Celý rok nevyplávala z Benátok do Svätej zeme ani jedna loď. Cieľom ich najbližších apoštolských úsilí sa mala stať Európa.

Počas ročného čakania spoločnici nezaháľali. Prijali kňazské svätenia a apoštolsky pôsobili v benátskom kraji. Na jeseň 1537 sa po márnom čakaní na loď vydali do Večného mesta. Prví traja, Ignac Loyolský, Diego Lainez a Peter Fabre, došli do Ríma koncom októbra 1537. Ostatní strávili zimu v okolí Benátok a do Ríma prišli na Veľkú noc 1538. V druhej skupine boli František Xaverský, Mikuláš Bobadilla, Šimon Rodriguez, Paschase Broet, Claude Jay, Alfonz Salmeron a Jean Codure. Mesto Rím a pápež Pavol III. v krátkom čase spoznajú v nich horlivých a obetavých ľudí. Sľub misijného pôsobenia jezuitov vo Svätej zemi je v schválenom texte už nahradený osobitným sľubom poslušnosti Svätému Otcovi.

Ignác Loyolský čoskoro napísal Formulu rehoľného zriadenia Spoločnosti Ježišovej, v ktorej vysvetlil úlohu novej rehole. Odovzdal ju pápežovi na schválenie. Pápež Pavlovi III. ju schválil 27. septembra 1540. Ignác bol zvolený za prvého predstaveného novovzniknutej Spoločnosti Ježišovej a v tejto službe bol až do svojej smrti v roku 1556.

Mladá rehoľa sa rýchlo rozrastala po celej Európe. Jezuiti sa najprv angažovali v školstve. Ignác založil „Rímske kolégium“ ktoré pápež Pavol IV. povýšil na univerzitu, ktorá od roku 1583 nosí názov Gregorova univerzita. Neskôr boli v Ríme založené aj kolégiá pre mladých klerikov z Nemecka, ktoré sa neskôr spojilo s maďarským kolégiom a dnes má názov Collegium Germanicum et Hungaricum. Neskôr bolo jezuitom zverené Biblicum, ktorého úlohou je šíriť biblické vedy a tiež Institutum Orientale, ktorého úlohou je zbližovať východnú a západnú Cirkev.

V apoštolátoch Spoločnosti Ježišovej od počiatku majú dôležité miesto misie. Jezuiti ako misionári putovali do Indie, Japonska, Číny, Afriky a do Južnejh a Severnej Ameriky.

Spoločnosť Ježišova sa dostala v druhej polovici 18. storočia pod paľbu ostrej kritiky. V tom čase dosahovala rehoľa svoj najväčší rozkvet a práve na tomto dejinnom vrchole sa začalo nad jezuitmi zmrákať a to zo všetkých strán naraz a s obrovskou intenzitou. Pápež Klement XVI. úradným dokumentom Dominus ac Redemptor z 21. júla 1773 zrušil jezuitský rád na celom svete. Protináboženský duch osvietenstva, politické prevraty v Európe a sekularizácia spôsobili veľa škôd rehoľnému stavu. Znovuobnovenie Spoločnosti Ježišovej sa začalo v Neapolskom kráľovstve, kde pápež Pius VII. schválil komunity v roku 1804. V roku 1813 dovolil, aby mohli jezuiti účinkovať v Írsku a v USA. Na tieto jeho kroky prichádzali dobré ohlasy. Pius VII. sa preto rozhodol obnoviť Spoločnosť Ježišovu po celom svete 7. augusta 1814. Vydal bulu Sollicitudo omnium ecclesiarum, ktorou znovu uviedol jezuitov do života celej všeobecnej Cirkvi. Počet členov rehole dva roky po obnovení bol 674. V roku 1853 ich počet vzrástol na 5200 a na konci 19. storočia ich bolo už 15-tisíc. Na Slovensko bola rehoľa uvedená v roku 1853 v Trnave. O rok neskôr prišli jezuiti aj do Bratislavy.

Dnes vo viac ako 60 krajinách jezuiti majú viac než 800 škôl a univerzít. Okolo 16 000 jezuitov pôsobí v 130 krajinách. Keďže sa Spoločnosť nezameriava len na určité a presne stanovené úlohy, jezuiti pracujú v rôznych apoštolátoch: misie, veda, vzdelávanie, duchovné cvičenia, pomoc utečencom, ekumenizmus. Jezuitom je zverená pápežská hvezdáreň, taktiež Radio Vaticana a CTV – „Centro televizivo vaticano. A množstvo jezuitov pracuje v televízii, rádiu, filme a v tlači.